En 11941 apr. J.-C, les quatre unités survivantes de l'escadron YoRHa sont déployées sur Terre, envahies par les formes de vie mécaniques, pour l'opération Pearl Harbor. Sur place, elles coopèrent avec la résistance en lutte depuis plus de deux cents ans, et se rendent au sommet du Mont Ka'ala, où se trouve le serveur principal ennemi.

Pendant ce temps, sur la base militaire en orbite, Futaba et Yotsuba sont déconcertées par le rejet catégorique de toute demande d'assistance au groupe YoRHa par le conseil de l'humanité et la commandante. Quel est le véritable but de cette opération ? Et qu'y a-t-il de plus important que son succès ?