Rome, 1606. Le Caravage a trente-cinq ans. Maniant aussi bien le pinceau que l'épée, c'est un homme haut en couleur, dont la vie dissolue et pleine d'excès lui a valu plusieurs séjours en prison. Ses tableaux, pour lesquels il fait poser paysans et prostituées, lui ont permis de connaître la notoriété mais aussi une accusation d'hérésie de la part du Vatican qui n'admet pas son traitement profane des scènes religieuses.Contraint de quitter Rome pour échapper à une condamnation à mort, il prend la direction de Malte avec une de ses élèves, Nerina. Tout au long du voyage, les fugitifs sont traqués par de mystérieux individus