Depuis qu'une nuée d'extraterrestres s'est abattue sur notre planète, une sempiternelle pluie tombe sur Tokyo. Depuis, l'humanité vit séparée en deux : ceux qui vivent à la surface, et des privilégiés réfugiés sous terre. Kanon, jeune femme qui travaille dans un petit café, fait partie de ceux de la surface. Sous ses airs fragiles, elle cache en réalité un caractère pour le moins unique : malgré la situation du monde, son unique préoccupation est Sosuke Sakai, l'homme qu'elle aime en vain depuis le lycée. Des retrouvailles inattendues lui permettront-elles d'enfin conquérir le coeur de son idole ? Rien n'est moins sûr... Car Sosuke, véritable héros national engagé dans la lutte contre l'invasion des « gelées », est de surcroît un homme marié... Kanon aura-t-elle le courage de courir après cet amour interdit ?