Les soeurs Amagami révèlent à Uryû leur plus grand secret, ce qui le pousse à prendre une décision majeure. Médecin ou desservant, quel avenir va-t-il choisir ? Les jeunes prêtresses et lui vont-ils redevenir de parfaits étrangers les uns pour les autres ? L'esprit farceur du sanctuaire Amagami n'est par ailleurs jamais loin. Voilà qu'après une série de décisions importantes, Yuna et Uryû se retrouvent obligés d'avancer main dans la main pour cacher un secret plus que gênant.