Aujourd’hui, c’est la rentrée pour Liko ! La jeune fille intègre l’Académie Indigo, célèbre école de Dresseurs Pokémon de la région de Kanto, où elle va enfin rencontrer son premier partenaire Pokémon. Mais rien ne se passe comme prévu : de mystérieux individus font leur apparition pendant l’entraînement, bien déterminés à lui voler le pendentif protecteur qu’elle porte autour du cou…