Shin est de retour à l'époque moderne, mais rien ne va plus pour lui. Non seulement il a échoué à empêcher la survenue du massacre d'Oto Usu, mais en plus le présent semble avoir été modifié de fond en comble à cause de ses ingérences dans le passé. Tout en essayant de se réapproprier sa propre vie, Shin continue de mener son enquête pour connaitre la vérité sur les événements tragiques de 1989. Mais pour cela, il lui faudra affronter une fois de plus les fantômes du passé...