Trois ans se sont écoulés depuis le « grand changement » durant lequel la situation de Boruto et celle de Kawaki se sont inversées. Jûbi, que manipule Code, évolue vers un shinju doté d'une conscience, et le monde doit faire face à une nouvelle menace ! Quant à Sasuke, il a été, lui aussi, absorbé par un arbre... Boruto revient de nouveau au village, mais Mitsuki l'attaque brusquement...!