Komaru Naegi, la jeune soeur de Makoto, est détenue sous la menace dans un complexe depuis plus d'un an. Un jour, elle est attaquée par un monokuma et parvient à s'enfuir. Elle découvre alors avec horreur que le monde est en proie au Désespoir. Elle fera la rencontre de la mystérieuse Toko Fukawa avec qui elle va tenter de fuir Tôwa City, en affrontant des adversaires tous plus redoutables les uns que les autres.